Kementerian Perhubungan memberikan daftar 19 rute penerbangan Merpati yang ditawarkan kepada maskapai penerbangan lain, yaitu Ambon-Labuha, Bade-Merauke, Biak-Sorong, Bima-Makassar, Ende-Saumlaki, Ewer-Merauke, Jayapura-Tanah Merah, Kepi-Merauke, Labuan Bajo-Maumere, Makassar-Maumere, Makassar-Merauke, Makassar-Selayar, Manado-Palu, Merauke-Tanah Merah, Merauke-Wanam, Moananami-Nabire, Mulia-Nabire, Sorong-Timika, dan Gebe-Ternate.
